1882 – 1918
Als im Jahr 1872 die Kaiser-Wilhelms-Universität zu Straßburg neu gegründet wurde verblieb Karl Domanig, ein Verbindungsstudent aus Innsbruck, in Straßburg, um dort zu studieren und auch eine katholische Verbindung zu gründen. Leider fand sein Vorschlag wenig Anklang, sodass er Straßburg im Jahre 1873 wieder verließ. Zehn Jahre später, im Jahre 1882, griff der Student Wilhelm Ehrhard die Idee Karl Domanigs erneut auf. Dieses Mal sollte der Versuch glücken, sodass am 25.05.1882 die erste konstituierende Gründungsversammlung stattfand. Nach dem Heimatland Ehrhards „Badenia“ getauft, wurde die Verbindung noch im selben Jahr durch den Rektor der Universität zugelassen und kurz darauf in den Cartellverband aufgenommen.
1905 wurde die Gründung der Tochterverbindung Rappoltstein bekannt gegeben. Nach der Niederlage im 1. Weltkrieg 1918 musste die Verbindung einen neuen Heimatort finden. Schnell fiel die Entscheidung auf die noch junge Universität in Frankfurt am Main, die unter anderem einen Teil der Bibliothek der Straßburger Universität erhielt.
1918 – 1946
Durch den Wechsel nach Frankfurt verfügte Badenia zunächst über kein Verbindungshaus, sodass im „Haus Landseck“ am Römer eine Etage gemiete wurde und dies somit vorübergehend der wichtigste Treffpunkt der Bundesbrüder wurde. 1919 beschloss der Cumulativconvent die Namensänderung in „Straßburger KDStV Badenia zu Frankfurt am Main“.
1933 hatte man genug Rücklagen gesammelt um ein eigenes Verbindungshaus in der Schubertstraße im Frankfurter Westend zu erwerben, an dem Badenia jedoch nicht allzu lange Freude haben sollte.
Trotz heftigster Gegenwehr musste Badenia 1938 vor dem aufstrebenden nationalsozialistischen Regime kapitulieren und löste sich zum Schutz ihrer Mitglieder auf. Um der Enteignung zuvor zu kommen, stiftete man das gerade neu erworbene Haus 1936 an die Caritas. Unter dem Deckmantel des „Freundeskreises ehemaliger Bandenen“ bestand die Verbindung inoffiziell weiter und konnte sich nach der Befreiung 1946 offiziell wiederbegründen.
1946 – heute
Zunächst heimatlos, traf man sich nach der Wiederbegründung im Frankfurter Börsenkeller und konnte hier den ersten Fuxen nach der Auflösung der Verbindung rezipieren. 1962 wurde das Haus im Marbachweg 334 erworben, welches bis heute noch das Verbindungshaus und konstanter Treffpunkt für alle Bundesbrüder ist.
Im Jahr 1982 feierte Badenia das 100. Stiftungsfest und richtet seitdem jedes Jahr an Christi Himmelfahrt den Bürgerfrühschoppen für alle Frankfurter auf dem Römerberg vor dem Frankfurter Rathaus aus.
Heute engagieren sich bei Badenia knapp 25 Aktive Studenten und etwa 300 Alte Herren.